他们扣除工资太多，这种情况下工资怎么出来？

首先和饿了么老板协商支付工资。若不协商或协商不成，根据《劳动法》，你可投诉到劳动监察大队，或申请劳动人事争议仲裁，甚至到人民法院起诉。公司应按时支付工资，不支付工资是违法的，会影响你的合法权益。不及时处理，可能会影响你及时获得应得的劳动报酬，以及后续找工作的时间。
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首先和老板协商，这是常见的处理方式。若协商无果，根据《劳动法》，你还可以选择投诉到劳动监察部门，或者提起劳动人事争议仲裁，甚至提起诉讼。如何选择取决于你的具体情况和协商结果，以及对方的态度。
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协商要工资。针对不同情况，具体操作如下：1.先尝试和老板沟通，依据《劳动法》协商。2.若老板不理，准备好证据，依据《劳动法》去劳动监察大队投诉。3.还不行，就提起劳动人事争议仲裁。4.最后还可以选择到人民法院起诉。